Der Landkreis ist Sachaufwandsträger folgender Schulen:
- Realschulen:
- Staatliche Realschule Weilheim i. OB
- Staatliche Realschule Schongau (Pfaffenwinkel-Realschule)
- Staatliche Realschule Penzberg (Heinrich-Campendonk-Realschule)
- Staatliche Realschule Peißenberg
- Gymnasien
- Staatliches Gymnasium Weilheim i. OB
- Staatliches Gymnasium Schongau (Welfen-Gymnasium)
- Staatliches Gymnasium Penzberg
- Berufsbildende Schulen:
- Staatliche Berufsschule Weilheim i. OB
- Staatliches berufliches Schulzentrum Schongau
- Landwirtschaftsschule Weilhiem i. oB mit den Abteilung Landwirtschaft und der Abteilung Hauswirtschaft sowie der Fachschule für Agrarwirtschaft, Ökologischer Landbau
- Staatliche Fachoberschule / Berufsoberschule Weilheim i. OB
- Sonderpädagogische Förderzentren
- Sonderpädagogisches Förderzentrum Weilheim i. OB (Schule am Gögerl)
- Sonderpädagogisches Förderzentrum Penzberg (Janusz-Korczak-Schule)
- Sonderpädagogisches Förderzentrum Altenstadt (Schönachschule)
- Sonstige Schulen:
- Jugendverkehrsschule mit Verkehrsübungsplatz in Peißenberg
Zudem werden Anträge auf Gastschulverhältnisse von Berufsschülern / Berufsschülerinnen und Schülerinnen und Schülern von Förderschulen im Rahmen des vorgesehenen Verwaltungsverfahrens bearbeitet.
Gastschulbeiträge / Kostenersatz zwischen den Landkreisen / kreisfreien Städten werden ebenfalls von der Schulverwaltung bearbeitet.